Les últimes excavacions a Santa Margarida d'Empúries han permès completar la planta de l'església del conjunt episcopal. L'objectiu era definir totalment com era aquest temple d'època tardoantiga.
L'actuació ha posat al descobert que l'església tenia unes dimensions "considerables" i que era de tipus basilical, amb una planta formada per tres naus separades longitudinalment per columnes. A la capçalera de la nau central, que tenia el doble d’amplada que les dues laterals, hi havia el cor i l’absis.
Els treballs arqueològics han permès completar també la planta del baptisteri al sud de la basílica, de planta quadrada i amb la piscina baptismal just al mig.
La pèrdua de la seu episcopal, a partir del segle VIII en endavant, va comportar la transformació de l’antiga basílica i del baptisteri, utilitzats com a àrea d’enterrament.
Damunt de les seves restes, en època medieval s’hi edificaren dues esglésies, una d’elles encara amb funcions baptismals, a recer de les quals s'hi van ubicar espais de cementiri, amb una continuïtat d’ús fins el segles XIII-XIV. A partir d’aquest moment i fins al segle XVIII únicament es manté dempeus i en ús la capella de Santa Margarida, que ha donat nom al jaciment arqueològic.
La tipologia de les tombes excavades és molt diversa i mostra l’evolució de les pautes funeràries al llarg dels segles. A banda de les tombes més privilegiades, algunes amb sarcòfags de pedra, també hi ha altres enterraments més senzills, amb fosses simples delimitades per caixes de pedra o també amb lloses de pissarra. A més, s'han identificat zones de cementiri destinades preferentment als infants.
Paral·lelament als estudis antropològics, també s’han engegat diferents anàlisis de les restes dels esquelets per poder conèixer de forma més precisa la naturalesa i les característiques de la població.
Les excavacions s'han fet durant el passat mes d'octubre i han comptat amb el suport de l’Ajuntament de l’Escala. L'actuació s'inclou dins el programa de l'actual projecte quadriennal de recerca arqueològica (2022-2025), centrat en l'estudi de les antigues àrees portuàries d'Empúries. Es tracta d'un projecte impulsat des del Museu d’Arqueologia de Catalunya en el marc del Pla de recerca de l’arqueologia i la paleontologia catalanes del Departament de Cultura.